与传统测序方法相比，大规模并行测序(MPS)允许实验室使用更灵敏和高通量的工作流程进行线粒体DNA (mtDNA)分析。通过深度测序覆盖和数字读取计数，提高了混合反褶积和异质性分辨率。此外，使用小扩增子对线粒体控制区进行测序，可以改善降解样品的测序结果。
PowerSeq®CRM嵌套系统，自定义，生成10个小扩增子覆盖线粒体基因组的控制区域。扩增的目标区域设计在144-237bp的范围内，以确保降解样品的最佳结果。该系统使用了嵌套扩增协议，大大减少了生成用于测序的库所需的步骤和时间。该协议由单个PCR步骤组成，既可扩增目标扩增子，又可合并索引测序适配器。
测序数据可以分析使用genemark HTS软件(SoftGenetics LLC)。