Wizard®HMW DNA提取试剂盒

人类血液样本和培养的K562哺乳动物细胞使用Wizard®HMW DNA提取试剂盒提取高分子量DNA。这些样品使用推荐的基于结扎的文库制备方法进行测序，并使用Oxford Nanopore Technologies®MinION®仪器进行测序。

测序运行汇总数据，比较提取方法如上所示。大量的测量表明Wizard®HMW化学提取大的DNA片段，在测序中具有优异的性能。N50指标量化了一半以上数据的读取长度，读取数大于100kb有利于研究基因组组装中的大结构变异或大间隙的研究人员。

评估高分子量DNA的质量对于判断提取的成功与否以及预测测序的成功与否都是至关重要的。传统的测量高分子量DNA纯度和产量的工具通常是足够的。然而，评估片段大小的附加步骤可以更好地预测长读测序性能。

使用Wizard®HMW DNA提取试剂盒从几种样品类型中提取DNA，具体到每种样品类型。提取的DNA被发现是高纯度的，这是下游应用成功的一个基本指标。采用荧光染料QuantiFluor®dsDNA系统测定产率。所获得的产量和纯度足以满足常见长读测序应用的需要。

通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析从几个独特的样品中提取的DNA，以近似高分子量片段的大小分布。所有样本类型都产生了HMW DNA，通常定义为50kb或更大。值得注意的是，一些样本的片段高达500kb。

使用安捷伦飞图脉冲系统定量分析高分子量DNA样本中片段的大小分布。该系统产生的数据可被视为传统的电泳图，或使用GQN(基因组质量数)指标报告。GQN可以在任何给定的片段大小下报告，并指示指定大小或更大的片段的百分比。使用该方法，对Wizard®HMW DNA试剂盒提取的样品进行分析，结果如上表所示。数据表明，即使是具有挑战性的样本类型，大多数纯化的DNA超过50kb，在许多情况下，大多数提取的DNA超过100kb。