桑格测序
Spectrum Compact毛细管电泳(CE)系统是一种用于Sanger测序和片段分析的台式仪器。Spectrum Compact支持Sanger测序应用,用于验证NGS碱基调用,是一种有效的方法,可以在转化培养物中确认成功的基因组编辑,以及使用CRISPR-cas9技术筛选成功编辑事件的次级克隆。
Spectrum Compact适用于使用荧光标记的三磷酸二脱氧核苷酸(ddntp)和Promega公司的4-、5-和6-染料STR试剂盒以及其他市售试剂盒的现有测序化学试剂。
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桑格测序介绍
在染料终止物测序中,DNA引物被退火到待测序的模板上,并使用DNA聚合酶进行扩增。dNTP池包含未标记的A, C, G和T脱氧核苷酸,以及较低浓度的染料标记的双脱氧核苷酸。当二脱氧核苷酸在链延伸过程中被合并时,3 '羟基的缺失阻止了扩增子的进一步延伸。然后,截断的产物在终止位置用特定于核苷酸的荧光团标记。在一个完整的反应中,每个位点都应该有扩增子,并用与最终核苷酸相对应的染料标记。在清除未合并的核苷酸、染料和引物后,样品通过毛细管电泳分析,以分离不同大小的扩增子。
Basecaller软件用于将原始的电泳图转换为基本的电泳图。Basecaller软件应用特定于测序化学的迁移率校正,以解释由于合并的荧光团而导致的扩增子电迁移率的变化。
Spectrum Compact CE系统允许分离和分析桑格测序反应中产生的DNA片段。
