细胞系认证指南
你的细胞系可能有危险
人类培养的细胞系用于许多生物医学研究和临床应用，包括癌症研究、药物发现、遗传学和生物银行。然而，对细胞系的错误识别继续困扰着研究，尽管著名科学家呼吁验证。今天，许多期刊需要细胞系认证才能发表。
我为什么要关心识别错误的细胞系?
- 错误识别的细胞系可能导致数据失效，以及损失时间、金钱和精力。事实上，据研究估计，多达20%的已发表论文可能由于错误识别或交叉污染的细胞系而无效。
- 自2016年以来，许多期刊和资助机构开始要求在论文或拨款提交之前对人类细胞系进行认证。
- 这只是拙劣的科学!
我应该在什么时候验证一个细胞系?
- 当建立或获得一个新的细胞系时
- 在传代后的第一周内
- 当开始一系列新的实验时
- 当常规传代细胞系时
- 当观察到不一致的细胞行为或意外的结果
- 在准备发布时
- 当冷冻细胞株以验证纯度时
Cell Line Authentication如何工作?
Cell Line Authentication依赖于对短串联重复序列(STRs)的分析。STRs是2-7个碱基对的重复序列元素，分布在整个人类基因组中。这些序列是多态的——一个位点的特定模式可以重复任意次数。
2011年，一个专家委员会发布了ANSI/ATCC ASN-0002-2011共识指南，用于使用STR基因分型进行细胞系认证的最佳实践。首先，利用重复序列外的引物进行PCR扩增STRs。用毛细管电泳分离得到的扩增子，以确定样品中的重复次数。然后将得到的概要文件与参考样本进行比较，以验证细胞系的起源。当你放大更多的位点时，由于人类和来自个体的人类细胞系之间的重复变异，辨别的统计能力就会增加。
更新后的ASN-0002 2021修订推荐以下13个常染色体STR基因座:CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, FGA, TH01, TPOX和vWA。
Cell Line Authentication的步骤是什么?
- 在错误识别的细胞系数据库中检查细胞系名称。
- 执行STR配置文件测试。
- 比较STR配置文件与供体或数据库
- 确定百分比匹配。
控件中没有列出要使用的任何单元格ICLAC错误识别细胞系登记册．检查这个数据库是一种简单而免费的方法，可以避免在使用错误标记的细胞系进行实验时损失研究时间和资金。
对从感兴趣的细胞系或保存在样本存储卡上的细胞中纯化的DNA进行STR基因分型。或者，可以将样品发送到遵循ANSI/ATCC指南的高质量核心设施。
将获得的基因型与参考数据库进行比较，如ATCC STR数据库、DSMZ STR Profile数据库或Cellosaurus。每个数据库都包含一个搜索选项，可以将您获得的测试样本基因型与数据库中包含的细胞系进行比较。细胞系是典型的非整倍体，可能表现出相对于参照的遗传漂变。虽然这应该通过良好的细胞培养实践最小化，但一些可变性是预期的。因此，要求细胞系认证的基因型匹配阈值为80%。
根据指定的基因型检查任何细胞系的交叉污染。根据所使用的匹配配方，由于交叉污染而出现的额外等位基因将降低匹配率。相比之下，测试样本中额外的等位基因并不影响计算出的匹配百分比。ANSI/ATCC指南指出，任何单个细胞系在三个或更多的位点上不太可能有两个以上的等位基因。多个位点的多重等位基因是交叉污染的另一个迹象。
单独的测试不能取代良好的细胞培养实践，包括书面的实验室政策和培训协议。除了对细胞系鉴定进行STR基因分型外，还应考虑采取其他措施以避免其他类型的污染，如定期进行支原体检测，如果在实验室中使用小鼠细胞系，则对小鼠细胞污染进行检测。一些公司和核心设施提供试剂和支原体检测服务收费。Promega提供用于识别小鼠细胞系污染的定制引物，可以与STR基因分型结合。
我如何在实验室验证我的细胞系?
GenePrint®24系统
的GenePrint®24系统提供了一种方便的基于str的方法来检测细胞和组织混合物，并确认细胞起源和身份。其他应用包括双胞胎合子测试，组织和细胞来源测试，漂浮体分析，以及癌症发展和进展过程中的基因变化分析。
- 最大的辨别能力
- 解决来自相关个体或多个来源的复杂混合物
- 最佳杂合子平衡使用高达5ng的DNA
- 检测低浓度混合物的一致性更好
- 放大所有推荐的ANSI-0002，修订的2021位点
GenePrint®10系统
的GenePrint®10系统是一个10位点多重系统，设计用于通过从细胞颗粒或细胞培养富集介质中提取的人类基因组DNA扩增，或通过从存储卡中直接扩增，生成多位点DNA图谱。
- 可耐受较高的DNA含量
- 非整倍体样本的更好的平衡
- 1.5小时内扩增
- 较少的基因座数量简化了解释
Spectrum紧凑型CE系统
该Spectrum紧凑型CE系统是一种台式毛细管电泳仪器，支持使用常见的STR系统进行细胞系认证，包括GenePrint®24系统和GenePrint®10系统。该仪器提供灵活的运行调度和易于使用的界面，因此您永远不必再次将您的样品发送给外部处理。
额外的资源乐鱼体育是什么
网络研讨会:通过细胞系认证维护科学完整性
本次网络研讨会提供了细胞系污染的简要历史，并概述了一种简单而廉价的方法来鉴定人类细胞系。
应用注释
单元线身份验证使用GenePrint®10和GenePrint本应用笔记包括细胞系身份验证过程的概述，描述确定细胞系身份的最佳实践，并介绍使用的方法和结果GenePrint®STR放大系统和用于分析的Spectrum Compact CE系统。
需要细胞系认证的期刊列表
以下出版物在接受研究文章之前需要一定程度的细胞系认证。注:此列表可能不完整。
我在哪里可以找到STR配置文件测试服务?
这些实验室使用Promega STR系统提供不同级别的细胞系认证服务。