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用GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR系统检测病毒RNA扩增性能

萨曼莎刘易斯博士
Promega公司
出版时间:11/2017

摘要

在这篇文章中,我们演示了GoTaq®探针1-Step RT-qPCR系统(Cat。# A6120)在单工和多工情况下的表现,与具有两个病毒目标的领先竞争对手一样好,甚至更好。

介绍

GoTaq®探针1步RT-qPCR系统(Cat。# A6120)是一种灵活的工具,使用水解探针进行一步结合反转录和qPCR。该系统适用于从简单的基因表达测量到复杂的多路复用的多种应用。在这里,我们用两个病毒模型演示了系统的多功能性和性能。我们将与三个竞争对手:SuperScript®III Platinum One-Step RT-qPCR、Verso™1-Step RT-qPCR和Prime Script™One-Step RT-PCR试剂盒的性能进行比较。GoTaq®1-Step RT-qPCR的病毒靶点检测结果与领先竞争对手一样好,甚至更好。

材料和方法

每个主混合使用4倍稀释从50000拷贝到12拷贝的HIV和寨卡病毒RNA进行病毒扩增(ATCC Cat。# VR-3245SD和VR-3252SD)。在每种产品技术手册推荐的标准循环条件下,单配和多配反应进行了四次。所有主混合物的反应体积为25µl,最终引物浓度为400nM,探针浓度为200nM。引物和水解探针由Integrated DNA Technologies以其PrimeTime®qPCR检测格式合成,序列如下。在Applied Biosystems®7500快速实时PCR系统上进行反应。

寨卡引物/探针序列¹:
转发:CCG CGT CCC AAC ACA AG
反转:CCA CTA ACG TTC TTT TGC AGA CAT
探针:5' AGC CTA CCT TGA CAA GCA GTC AGA CAC TCA A 3' 6-FAM/ZEN/IBFQ

HIV引物/探针序列:
转发:TGC AGA ATG GGA TAG ATT GC
反向:CCC TTG GTT CTC TCA TCT GG
探针:5' CCT GGT GCA ATA GGC CCT CCA 3' 6-VIC/ZEN/IBFQ

结果

我们测试了GoTaq®Probe 1-Step qPCR系统的扩增效率、线性和灵敏度,以对抗三种主要竞争对手。HIV和寨卡rna通过单重反应(图1)和多重反应(图2)的三种混合反应进行扩增。理想情况下,当多重反应时,多重反应和单重反应之间的Cq差应小于1,以确保检测之间不会发生干扰,否则可能导致目标定量问题。GoTaq®、PrimeScript™和Verso™主混合物与RNA多重或单倍扩增的Cq差异小于1。SuperScript®III Platinum在反应之间表现出大于一个的Cq差。单反应和多重反应的标准曲线线性和效率列于表1中。GoTaq®表现出良好的线性(≥0.995)、敏感性(低至12个病毒拷贝)和效率(≥97.0%)。所有竞争对手的标准曲线R²值和效率相似,特别是多路复用(表1)。这些结果表明,GoTaq®Probe 1- step RT-qPCR系统的性能与测试的其他一步RT-qPCR主混合相当或更好。

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图1。病毒RNA的扩增与不同的主混合。使用GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR系统或其他三种竞争产品扩增来自HIV病毒(右)或寨卡病毒(左)的序列稀释对照RNA。leyu乐鱼网

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图2。对单反应或多反应的敏感性。使用GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR系统(A)或竞争主混合(B-D),将寨卡病毒RNA与HIV进行单次或多重扩增。

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表1。病毒RNA单次和多次扩增的效率和线性。病毒RNA标准曲线用GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR系统或竞争试剂盒进行单次或多次扩增。利用Applied Biosystems®7500软件从标准曲线中确定线性(R²)和效率(%)。

结论

GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR系统是一种灵活的系统,可对多种靶标(包括病毒)进行扩增。它还可以用于在单一反应中检测多个目标而不损失效率或线性。GoTaq®Probe 1-Step RT-qPCR System是一种健壮、方便的一步反转录qPCR主混合试剂。

参考文献

¹Lanciotti RS, Kosoy OL, Laven JJ,等。与一种流行病相关的寨卡病毒的遗传和血清学特性,密克罗尼西亚雅浦州,2007年。新发传染病。2008;14(8):1232-1239。

美国)帕特。6242,235号,澳大利亚帕特。761757号,加拿大帕特。No. 2,335,153,中国派。不。ZL99808861.7,香港派。不。HK 1040262,日本派。3673175号,欧洲派特。 No. 1088060 and other patents pending.
(b)通知买方:放弃许可
GoTaq®探针1步RT-qPCR系统(Cat。# A6120)仅供研究使用。不用于诊断程序。
在任何美国Pat下购买此产品没有许可。编号5,210,015、5,487,972、5,804,375、5,994,056、6,171,785、6,214,979、5,538,848、5,723,591、5,876,930、6,030,787和6,258,569,以及与5 '核酸酶和dsdna结合染料工艺相关的美国以外的相应专利,或任何其他专利或专利申请。欲了解更多信息,请联系美国加利福尼亚州福斯特市林肯中心路850号应用生物系统公司许可处主任,邮编94404。
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GoTaq是Promega Corporation的注册商标。
SuperScript是Invitrogen公司的注册商标。
Verso是赛默飞世尔科学公司的商标。PrimeScript是Takara Bio Inc.的商标。


Lanciotti RS, Kosoy OL, Laven JJ,等。与一种流行病相关的寨卡病毒的遗传和血清学特性,密克罗尼西亚雅浦州,2007年。新发传染病。2008;14(8):1232-1239。